La misión de la ONUDI, tal como se describe en la Declaración de Lima adoptada en el decimoquinto período de sesiones de la Conferencia General de la ONUDI en 2013, es promover y acelerar el desarrollo industrial inclusivo y sostenible (ISID)  en los Estados Miembros. La pertinencia del ISID como enfoque integrado de los tres pilares del desarrollo sostenible es reconocida por la Agenda 2030 para el Desarrollo Sostenible y los Objetivos de Desarrollo Sostenible (ODS) conexos, que enmarcarán los esfuerzos de las Naciones Unidas y los países hacia el desarrollo sostenible en los próximos quince años.  El mandato de la ONUDI está plenamente reconocido en el ODS-9, que llama a «construir infraestructura resiliente, promover una industrialización inclusiva y sostenible y fomentar la innovación». Sin embargo, la pertinencia del ISID se aplica en mayor o menor medida a todos los ODS. En consecuencia, el enfoque programático de la Organización se estructura en cuatro prioridades estratégicas:  Creación de prosperidad compartida; Promoción de la competitividadeconómica;  Salvaguardia el medio ambiente; y fortalecimiento del conocimiento y las instituciones.

Cada uno de estos ámbitos de actividad programáticos contiene una serie de programas individuales, que se aplican de manera holística para lograr resultados e impactos eficaces a través de las cuatro funciones habilitantes de la ONUDI: i) cooperación técnica; (ii) funciones analíticas y de investigación y servicios de asesoramiento en materia de políticas; (iii) funciones normativas y normas y actividades relacionadas con la calidad; y iv) la convocatoria y las asociaciones para la transferencia de conocimientos, la creación de redes y la cooperación industrial. Esas funciones básicas se llevan a cabo en los Departamentos/Oficinas de su Sede, Oficinas Regionales y Centros y Oficinas de País.

El Departamento de Medio Ambiente de la ONUDI ayuda a los países en desarrollo, y a los países con economías en transición, con la transferencia de las mejores tecnologías ambientalmente racionales y prácticas ambientales disponibles para mejorar la productividad de los recursos en la industria y evitar la descarga de efluentes industriales en el medio ambiente, protegiendo así los recursos naturales para las generaciones futuras.

La División de Eficiencia de Recursos Industriales (IRE por sus siglas en inglés) es una de las cuatro divisiones del Departamento de Medio Ambiente (ENV por sus siglas en inglés). El objetivo de la División IRE es aumentar la capacidad de los proveedores de servicios ambientales de la industria, el gobierno y las empresas, así como de las entidades intergubernamentales y no gubernamentales para ampliar e integrar la adopción de patrones de producción más eficientes en los recursos y más limpios. Lo hace mediante la promoción del reciclaje, la recuperación de recursos y/o el tratamiento y eliminación ambientalmente racionales de los desechos, las aguas residuales y los productos químicos tóxicos y/o peligrosos, y también en particular para el uso y la gestión sostenibles del agua y otros recursos naturales utilizados en los procesos industriales.